医療法人設立の申請手続きは、ほとんどの自治体で申請受付期間（東京都の場合、年二回）が決まっています。また、提出書類も、統括部分、財産関係、人事関係、施設関係、計画・予算・実績と多岐に渡ります。以下に医療法人設立の流れを示します。
【医療法人設立許可申請の流れ】
　・定款の作成
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　・設立総会の開催
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　・設立許可申請書の申請(仮申請)
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　・審査
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　・設立許可申請書の本申請
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　・医療審議会への諮問
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　・答申
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　・設立許可
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　・設立登記申請
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　・登記完了
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　・登記事項の届出
【医療法人設立後の流れ】
　・病院（診療所）開設許可申請
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　・病院（診療所）開設許可
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　・個人開設の病院（診療所）廃止届
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　・病院（診療所）開設届
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　・保険医療機関指定申請
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　・保険医療機関指定